В зависимости от органов, в которых возникает аллергическая реакция, можно выделить заболевания: 

1) лорорганов (сезонный и круглогодичный аллергические риниты); 

2) дыхательных путей и легких (респираторные аллергозы – аллергический фарингит, аллергический трахеит, аллергический ларингит, фаринголаринготрахеит; аллергический бронхит; бронхиальная астма);
3) кожи (атопический дерматит, контактный дерматит, крапивница, отек Квинке); 

4) глаз (аллергические конъюнктивиты). 

Кроме того, достаточно часто встречаются аллергические поражения сердечно-сосудистой системы (аллергические кардиты, системные аллергические васкулиты), мочеполовой системы (почек, гениталий), а также аллергические артриты, гематологические и геморрагические нарушения.
К особой группе относятся заболевания, связанные с определенной группой аллергенов: пыльцевая (сенной насморк, поллиноз), лекарственная и пищевая аллергии.
Аллергические реакции оказывают воздействие на эндокринную, кровеносную и нервную системы. 

В частности, под влиянием различных аллергенов в сенсибилизированном организме может возникнуть поражение форменных элементов крови и произойти угнетение кроветворной функции костного мозга. При этом снижается количество эритроцитов, тромбоцитов и гранулоцитов, что вызывает развитие гнойно-септических осложнений. 

Чаще всего к поражению кровеносной системы приводят жаропонижающие средства, противоревматические препараты, барбитураты, сульфаниламиды, антибиотики, а также введение сывороток.
Внешние воздействия на организм, которые приводят к возбуждению центральной нервной системы, способны усиливать симптомы аллергии, и наоборот, торможение нервной системы способствует угнетению аллергических реакций

. Именно нервная система с помощью гуморально-эндокринных факторов определяет особенности развития и течения аллергических реакций, которые оказывают существенное воздействие на ее состояние. Сама по себе нервная ткань обладает свойствами антигена, поэтому ее можно рассматривать как источник аллергенной стимуляции.
В данном подразделе будут описаны только наиболее распространенные аллергические заболевания.